海洋科學研究在于揭示海洋現象及其基本運動規律。中國科學院深海科學與工程研究所將依靠深海工程技術與裝備、實驗平臺和基礎設施，結合所處的區位優勢，開展相關深海科學問題研究，以科學問題引領技術創新，以技術提升帶動科學研究深入發展。
作為中國科學院在海洋科學與技術領域的總體單位，深海所不僅開展與深海有關的科學問題研究，同時以深海觀測方法與儀器設備、深海潛器技術、海洋資源開發與利用為主要研究方向，重點發展與海洋科學研究、深海開發結合密切的深海工程技術與裝備，從裝備、條件和設施上支撐開展深海科學和海洋工程的研究。
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